Les stigmates invisibles
Le 7 septembre 1910, il reçoit les stigmates à Pietrelcina. Les stigmates disparaissent, le Seigneur ayant exaucé sa demande de les rendre invisibles sans cesser cependant de lui en infliger la souffrance.
La stigmatisation invisible de Padre Pio fut connue à Pietrelcina en septembre 1915.
En souvenir de cet évènement, Mercurio Scocca érigea une chapelle autour du tronc de l'orme où il s'était produit.
Cette "Capellina" se trouve à l'endroit appelé "Piana Romana", où les parents de Padre Pio possédaient un lopin de terre qui est à présent la propriété de la nièce de Padre Pio.
La transverbération
Padre Pio vivait depuis 8 ans avec la douleur des stigmates invisibles.
Le 5 août 1918 puis le 20 septembre 1918, il manifeste des symptômes ou des signes faisant référence à la transverbération (transpercement du cœur par un dard spirituel avec saignement réel) et des stigmates (plaies du Christ sanguinolentes aux mains, aux pieds et au thorax), qu'il cherche à cacher avec des mitaines.
Le 5 août 1918, alors qu'il confessait au séminaire lorsque "apparut un personnage céleste qui brandissait "une sorte d'instrument qui ressemblait à une très longue lame de fer à la pointe bien aiguisée", de laquelle semblait "sortir du feu" et il "la lança de toutes ses forces" sur son "âme". Il se sentit mourir et aussitôt congédia le jeune garçon qu'il était en train de confesser.
"Le mystérieux personnage lui transperça le cœur avec une lance ardente". Il venait de subir la "Transverbération" du cœur comme Sainte Thérèse d'Avila.
Padre Pio écrit à son confesseur : "C'était comme un glaive de feu qui transperça mon âme et fit brûler mon cœur d'un amour ardent pour Jésus".
Il souffrit atrocement pendant deux jours.
Par la suite, il ressentit au plus profond de l'âme une blessure toujours ouverte qui le torturait continuellement. Douleurs de l'âme et souffrances du corps.
Les stigmates
Les faits restèrent secrets jusqu'au vendredi 20 septembre 1918 quand le mystérieux personnage lui apparut à nouveau alors qu'il était seul dans l'église et qu'il priait agenouillé devant un crucifix de bois.
Il se retrouva avec des plaies sanglantes aux mains, aux pieds et au côté.
Ces plaies ne purent être cachées.
Le père Paolino, supérieur du couvent, écrivait au supérieur général qu'il ne s'agissait pas de taches ou d'empreintes mais de plaies perforant ses mains et ses pieds. Celle du côté est une véritable déchirure qui libère continuellement du sang ou des humeurs sanguines.
On donna l'ordre de garder le secret mais les plaies saignaient lorsque Padre Pio célébrait la messe.
La nouvelle se répandit et les gens commencèrent à affluer.
Des médecins l'examinèrent et rédigèrent des rapports.