Les groupes de prières
À la même époque, le Padre Pio fonde des Groupes de prière afin de guérir et soulager les âmes.
Nouvelle mesure disciplinaire
À partir des années 1950 un immense scandale financier secoue le monde catholique italien. Des fonds ont été détournés pour des profits personnels et d'autres ont été placés à perte dans les magouilles du banquier Giuffré : les Capucins, comme beaucoup d'autres, sont en faillite.
Padre Pio n'est pas mis en cause dans cette affaire et il est ainsi relevé de ses vœux de pauvreté afin d'avoir toute liberté de gérer les fonds de ses fidèles pour la Casa Sollievo della Sofferenza.
Il devait alors subir maintes persécutions de ses pairs qui tentaient de s'approprier ses fonds destinés à la Casa Sollievo della Sofferenza.
Padre Pio dit que cet argent n'était pas le sien, qu'il ne pouvait le donner.
Ce refus engendra des hostilités et il subit de nouvelles calomnies.
Le Pape Jean XXIII voulant y voir plus clair, ordonna au Saint-Office de préparer une visite apostolique.
Cette tâche fut confiée à Mgr Carlo Maccari, du Vicariat de Rome, qui commença sa mission le 29 juillet 1960 par un acte sévère : il fit suspendre les préparatifs des festivités pour le 50ème anniversaire du sacerdoce de Padre Pio.
Il termina sa mission le 10 octobre 1960 avec une mesure : Padre Pio fut considérablement limité dans l'exercice de son ministère (confessions brèves et pas pour tout le monde, pas de baptêmes, pas de mariages, durée de la messe ne pouvant dépasser 30 mn) et dans l'administration des biens de son œuvre dont les actions furent déposées auprès de la banque vaticane. Son couvent dépendit directement du Saint Office et on transféra certains de ses amis Frères.
Un nouveau supérieur arriva à San Giovanni Rotondo qui avait pour mission de faire régner la plus rigoureuse discipline. Il provaqua la révolte des fidèles et entra en conflit avec le maire du village.
C'est en 1960 qu'on découvrit des magnétophones placés dans la cellule et dans le confessionnal de Padre Pio.
La réhabilitation définitive
Fin 1961, Padre Pio fit appel à Emanuele Brunatto qui vivait en France. Celui-ci régla ses affaires à Paris et à la mi-janvier 1962 il était en Italie.
Emanuele Brunatto s'arrêta à Rome où il fut reçu par le Cardinal Alfredo Ottaviani, secrétaire du Saint Office.
Le cardinal l'avait invité à la modération et lui avait fait comprendre que les mesures pouvaient être modifiées si les graves accusations contre Padre Pio étaient démantelées.
Tout le monde convoitait le patrimoine de l'œuvre de Padre Pio.
Emanuele Brunatto prit contact avec ses amis les plus proches et il fonda l'AID le 30 mai 1962 à Genève -Association Internationale pour la Défense (de Padre Pio)-.
Il est définitivement réhabilité par le pape Paul VI le 30 janvier 1964.
Padre Pio est contraint de signer une déclaration spécifiant que personne ne lui voulait de mal.
Le magistrat Giovan-Guadalberto Alessandri raconte que Padre Pio lui aurait révélé : "Que veux-tu, ils sont venus ici, ils m'ont remis une déclaration déjà écrite et ils m'ont dit de la recopier".
Ceci est confirmé par le docteur Giovanni Gigliozzi, directeur du bulletin de la Casa di Sollievo qui a vu les larmes de Padre Pio qui lui disait que la déclaration lui a été extorquée.
Ses derniers jours
Padre Pio avait dit : "Je mourrai lorsque ma tombe sera terminée."
A la messe du matin du 22 septembre 1968, le Père Clemente di Santa Maria, a béni à la crypte la tombe terminée du Père.
Quand Padre Pio reçut les stigmates le 20 septembre 1918, il lui fut révélé qu'il les porterait pendant 50 ans.
À San Giovanni Rotondo, on préparait la célébration de cet anniversaire.
On avait fait appel au groupe de prières.
Afin d'avoir une plus grande participation, la célébration du 50ème anniversaire des stigmates avait été différée du vendredi 20 septembre 1968 au dimanche 22 septembre.
Dès le samedi, les pèlerins occupaient toutes les chambres des hôtels du village.
Certains pèlerins durent dormir dans leur voiture.