Padre Pio avait reçu le don des larmes dès son enfance.

Un de ses condisciples racontait que durant ses études au scolasticat, de 1903 à 1908, Padre Pio pleurait constamment, en silence, et si abondamment que ses larmes laissaient des traces sur les dalles du chœur. Suite aux plaisanteries des jeunes, Padre Pio avait pris l'habitude d'étendre un grand mouchoir par terre, en face de lui, quand il s'agenouillait pour prier.